Trzecia komora jest jednym z czterech komór w mózgu, które komunikują się ze sobą. Podobnie jak w przypadku innych komór mózgu, jest wypełniona płynem mózgowo-rdzeniowym, który pomaga chronić mózg przed urazami oraz transportować składniki odżywcze i odpady. Trzecia komora to wąska wnęka znajdująca się między dwiema połówkami mózgu.
Trzecia komora wysyła i odbiera wiadomości z komór bocznych, które znajdują się przed trzecią komorą, oraz z akweduktu śródmózgowia, który znajduje się bezpośrednio za trzecią komorą. Podwzgórze i wzgórze znajdują się po bokach trzeciej komory.
Nieprawidłowości w komorze trzeciej są związane z różnymi stanami, w tym wodogłowiem, zapaleniem opon mózgowych i zapaleniem komór. Wodogłowie to nadmierne gromadzenie się płynu w mózgu. Zapalenie opon mózgowych jest stanem zapalnym błon pokrywających mózg i rdzeń kręgowy, podczas gdy zapalenie komór jest stanem zapalnym komór. Zarówno zapalenie opon mózgowych, jak i zapalenie komór mogą być spowodowane urazem komory, w tym trzeciej komory, chociaż urazowe zapalenie opon mózgowych występuje rzadko.
Powiększona trzecia komora została powiązana z chorobami psychiatrycznymi, takimi jak schizofrenia; jednak dokładność tej teorii nie została ostatecznie udowodniona.
